El poblado debe su nombre a don Juan de Lerma, quien ayudó al Adelantado don Francisco de Montejo en armas, tropas y financiamiento para la Conquista de la Península de Yucatán.
Lerma como punto de costa, sufrió, al menos, dos ataques piráticos. En 1632 un capitán pirata de Cuba, conocido con el nombre de Diego «el Mulato», atacó con seis carabelas. Sufrió el ataque despiadado de Agramont y Lorencillo en 1685. El peor, sin duda, se dio en 1708, cuando el temible «Barbillas» anclara frente a Campeche y saqueara la población.
También sufrió el acoso de la intervención francesa, y ya durante el segundo imperio recibió la visita de la emperatriz Carlota que departió con los hombres y mujeres del pueblo, en especial con los cinco caciques que en ese momento había en la comunidad.
Otro suceso importante es la construcción del astillero nacional y la del muelle, por ello alcanzó notable prosperidad con la pesca de altura del camarón y se construyeron en sus lides plantas congeladoras.
Son tradicionales sus fiestas de los Reyes Magos, del Carnaval, y las de Octubre, dedicadas a Nuestra Señora de la Asunción, a cuya adveración está dedicada su iglesia.