A mediados del siglo XVII, el convento del barrio de San Francisco se encontraba en gran parte muy destruido por lo cual se solicitaba la construcción de un nuevo asiento franciscano. Fue así que, en 1634, Campeche recibió la visita de Fray Juan de la Torre, comisario real de la orden franciscana, a quien le pareció conveniente que la construcción estuviese dentro de la villa, siendo el padre Francisco Bueno, quien se encargó de vigilar la construcción del convento.

El claustro del monasterio es un esbelto conjunto arquitectónico compuesto por arcos de medio punto que rodean un patio en cuyo centro se encuentra un aljibe. Todo el edificio está techado con rollizos y conserva un pequeño patio trasero que debió de funcionar como huerto. La entrada principal del convento es un conjunto de cantera compuesto con pilastras almohadilladas sostenidas por elevados pedestales, en ella se encuentra un escudo franciscano con los brazos de San Francisco y Cristo sobre la cruz. Igualmente se encuentran el sol, la luna y las estrella, símbolos espirituales.

En 2005, cuatro de los cinco barrocos fueron restaurados por el Instituto Nacional de Antropología e Historia en Campeche (INAH), debido a los daños al inmueble por los ataques piratas, los cuales fueron el dedicado a la Virgen de la Candelaria principal imagen de la iglesia, el Nazareno, la Dolorosa y finalmente el retablo de San Antonio.