Antes del arribo de la Compañía de Jesuitas, ahí existía una capilla dedicada a San José, patrón de carpinteros y calafates. La residencia jesuita fue creciendo y se hizo necesaria la construcción de un templo de mayores proporciones. Las obras emprendidas en 1735 cesaron a la expulsión de la orden, por Real Decreto, y reiniciaron en 1799 cuando los franciscanos se hicieron cargo de la institución. Hacia 1809, inmediatamente después de concluida la cúpula, se puso en pleno servicio hasta 1914 que se destinó para contener la biblioteca del Instituto Campechano. Posteriormente de 1924 a 1934, funcionó como lugar de culto público para luego transformase en bodega y otra vez en biblioteca.

Para 1941 pasó a formar parte del Gobierno del Estado, quedando como en Museo Arqueológico, Etnográfico e Histórico. Actualmente está destinado a exposiciones temporales.

En su fachada, exhibe un modesto estilo barroco en el que resalta de manera admirable el uso de azulejos del tipo Talavera, como complemento de una decoración que en conjunto ofrece un cierto aire morisco.

La iglesia es en forma de cruz latina de una sólo nave, dividida por cinco arcos torales sostenidos por pilares de piedra que soporta un techo plano de rollizos que cubre toda la iglesia, y muros fuertes apoyados en contra fuertes.