San Francisco, barrio y convento, era el sitio a donde se dirigían los campechanos una vez que la plaza central se encontraba en manos filibusteras, razón por la cual el convento recibía de lleno los ataques del enemigo. En 1597, año del cruento ataque de William Parker, la casa franciscana quedó prácticamente destruida. Mejor suerte correría con la indeseada visita que en 1633 Diego el Mulato realizó a Campeche, cuando los piratas se conformaron con saquear el centro de la villa.

La iglesia de San Francisco es una típica iglesia franciscana: de una sola nave, techada con bóveda de cañón y vigías dividida por cinco arcos que corresponden a los contrafuertes. Los arcos descansan sobre una moldura de piedra triangular. La nave de la iglesia se inicia con un gran coro que cubre toda la entrada con un barandal de madera. En la pared sur del templo se construyó el bautisterio que contiene una pila bautismal de piedra en donde la tradición local señala que en esa pila fue bautizado el nieto de Hernán Cortés, Jerónimo de Campeche.

La portada de la iglesia es sencilla, la puerta principal de portón ferrado esta flanqueada por un marco de cantera y sobre él un escudo franciscano con las cinco llagas de Cristo y una fecha, 1558, probablemente el año de la conclusión del convento.