Cuando el proyecto de fortificación se hizo realidad, el convento franciscano de la Mejorada fue derruido por estar demasiado cerca de la muralla. Por otra parte, el viejo monasterio en el pueblo de indios de San Francisco, además de estar en malas condiciones, se hallaba demasiado retirado de la plaza y eventualmente servía para albergar cuantioso regimiento enemigo. Demolerlo era inminente.

Un convento intramuros para la orden franciscana fue la solución. Hacia 1724 concluyó la fábrica y el común, para distinguirlo de la fundación primigenia, dio por llamarla San Francisquito. En 1854, cuando el gobierno republicano desamortizó los bienes de manos muertas, el convento pasó a ser propiedad pública, enajenándose buena parte de la parcela original. Sin embrago, en 1861 ahí se estableció el Colegio Clerical del Jesús. Fue también recinto del H. Congreso del Estado, hasta 1962 y desde 1977 las crujías entorno al ambulatorio dieron cobijo al Instituto de cultura. Secretaría en 2009.

La pequeña iglesia es una simple nave con un balcón para el coro superior. Los hermosos retablos tallados, muy probablemente fueron primero de la parroquia principal que con dio transitó al neoclásico. Ahora con la restauración de sus altares, el interior de San Francisquito luce el colorido y los áureos reflejos del encaje barroco, testimonio del bienestar del puerto en la era de los Borbón.