Una de las instituciones religiosas que se encargaron del cuidado de los enfermos en Campeche fue la de los hermanos hospitalarios de San Juan de Dios o juaninos, siendo ellos mismos los encargados de la iglesia del mismo nombre; que por iniciativa de Fray Bartolomé de la Cruz dio inició la construcción del templo adyacente al Hospital de San Juan de Dios, y que gracias a las múltiples donaciones y los esfuerzos del prior Fray Francisco de Trillanes fueron importantes para la construcción del templo en 1675.

La fachada de la iglesia está dividida en dos cuerpos, de los cuales el primero corresponde a la puerta principal que es un arco de medio punto. El segundo cuerpo consta de dos balcones coronados con pequeños triángulos, en medio de ellos se encuentra una inscripción donde se puede leer la fecha de conclusión de la iglesia.

Como todas las iglesias de Campeche, es de una sola nave, con techo de bóveda de cañón sin vigas. Sobre sale del conjunto arquitectónico su cúpula de media naranja, rematada por una linternilla sostenida por ocho pilares a la cual se llega por medio de una escalerilla. La iglesia no tiene torre campanario, fue mandado a construir por el Ayuntamiento en 1830, debido a que la antigua torre campanario de dos cuerpos amenazaba con derrumbarse y podía provocar una desgracia; el costo fue de $395 pesos y fue realizada por el alarife don José de la Luz Solís.

La patrona de la iglesia es la Virgen del Carmen que se encuentra en un ciprés de madera que hace de altar mayor. Esta virgen contaba con cofradías y capellanías propias.