Lo más interesante de la iglesia es su interior, por la belleza de sus altares, cinco en total y todos ellos realizados en varias épocas y poseen estilos diferentes. El primero de ellos está dedicado al Santo Negro, altar que posee elementos del barroco estípite cuyas características son la de una pirámide en vértice muy alto. El segundo altar es el más grande y en él se encuentra San Benito de Palermo, conocido como “el santo negro” por su color, miembro de la orden franciscana. En el tercer nicho se encuentra la figura de San Francisco de Asís con una calavera en la mano y un crucifijo en la otra, llamando la atención su hábito que no es de color café, a sus pies se encuentra una cabeza de San Camilo. El siguiente altar está fechado con el año de 1901y dedicado a Jesús de Nazareno. El altar es de estilo neoclásico tardío género que se introduce a México durante el virreinato. Del mismo estilo y con los mismos elementos pero de dimensiones mayores, es el altar que se encuentra en una capilla lateral dedicado a la Santísima Trinidad, este está compuesto por cuatro esbeltas columnas lisas con sus bases y capitel corintio que sostiene un friso y un remate triangular con una cruz en el vértice.

El edificio de la iglesia es de gran sencillez, pero su gracia reside precisamente en el efecto de sus volúmenes logrado por los contrafuertes, las almenas y la espadaña. Conserva interesantes lápidas funerarias del siglo XIX y principios del XX.

Actualmente, se usa como templo expiatorio siendo expuesta la Hostia Consagrada las 24 horas del día durante todo el año.